Le Géoparc de Haute Provence est géré par le Syndicat Mixte du Massif des Monges regroupant administrativement les 2 intercommunalités composant son territoire.
Une "Commission  Géoparc"  composée des représentants du Syndicat Mixte, des 6 intercommunalités, du Conseil Départemental, et des institutions locales (Offices de Tourisme,...) administre l'ensemble des orientations et décisions concernant le Géoparc.
Cette commission s'appuie sur des groupes de travail actifs réunissant élus et techniciens.

Le siège social du Géoparc de Haute Provence est situé dans les locaux du Musée Promenade à Digne les Bains.